เกิดกรณีพิพาทระหว่างไทยกับอินโดจีนฝรั่งเศส พ.ศ.๒๔๘๓ ประชาชนที่อพยพมาจากอินโอจีนฝรั่งเศส ทางเจ้าหน้าที่ฝ่ายไทยได้ให้การอุปการะ จัดที่ทำกินที่ดินอยู่อาศัย และสร้างอาคารเรียนชั่วคราว ใช้ชื่อว่า"โรงเรียนประชาบาลเจย์ดีคำ ๖ บ้านศรีสุข" ต่อมาราษฎรอพยพไปอยู่ที่อื่นจำนวนมาก จึงทำให้ประชากรลดน้อยลง จำนวนนักเรียนเหลือน้อย ทางการจึงได้ยุบโรงเรียน จากนั้นได้มาตั้งโรงเรียนที่บ้านโจ้โก้ หมู่ ๑๕ ต.เจย์ดีคำ ซึ่งเป็นที่ตั้งโรงเรียนปัจจุบัน เมื่อปี พ.ศ. ๒๔๘๖ ชื่อ "โรงเรียนประชาบาลเจย์ดีคำ ๖ บ้านศรีสุข" ลักษณะอาคารเรียนชั่วคราว กว้าง ๘ เมตร ยาว ๑๔ เมตร มุงหญ้าคา ฝาไม้ขัดแต๊ะ

ต่อมา พ.ศ. ๒๔๙๑ นักเรียนบ้านหมู่ ๑๙ บ้านป่าแพะ ต.เจย์ดีคำ ได้ย้ายมาเข้าเรียนที่โรงเรียนนี้ ซึ่งแต่เดิมเรียนอยู่ที่โรงเรียนบ้านดอนลาว จึงทำให้อาคารไม่เพียงพอ ราษฎรทั้งสองหมู่บ้านจึงได้ช่วยกันต่อเติมอาคารเรียนให้เป็นอาคารเรียนถาวร โดยได้รับการสนับสนุนจากแผนกศึกษาธิการอำเภอ

พ.ศ. ๒๔๙๕ ได้ก่สร้างอาคารเรียนเรื่อยมาตลอดทั้งปี จนแล้วเสร็จ เมื่อ ๑๖ มิภุนายน ๒๔๙๖ เป็นอาคารเรียนแบบ ป.๑ข กระทรวงศึกษาธิการ กว้าง ๗.๕ เมตร ยาว ๑๘ เมตร เสา, ฝาและพื้นเป็นไม้เนื้อแข็ง หลังคากระเบื้องไม้ จำนวน ๓ ห้องเรียน ราคาประมาณ ๘,๐๐๐ บาท แล้วเปลี่ยนชื่อเป็น "โรงเรียนบ้านโจ้โก้" ทำการสอนตั้งแต่ชั้น ป. ๑ - ๔

เดือนกันยายน พ.ศ. ๒๕๑๒ นายศรีทน ชนะพิมพ์ ครูใหญ่พร้อมด้วยคณะครู, ผู้ใหญ่บ้าน, กรรมการศึกษา และราษฎร หมู่ ๑๐ และ ๑๙ ต.เจย์ดีคำ ได้บริจาคทรัพย์ซื้อที่ดิน เพื่อขยายพื้นที่ของโรงเรียนออกไปทางทิศตะวันออก ซึ่งเป็นที่ดินของนายทอน มาสุข, นายยศ พุฒิชัย, นางแจ้น ฐานะราช และนายต๊ะ แจ้งสว่าง เป็นเงินทั้งสิ้น ๕,๑๐๐ บาท

ต่อมาโรงเรียนได้รับงบประมาณจากองค์การบริหารส่วนจังหวัดพะเยา จำนวน ๑๖๐,๐๐๐ บาท เพื่อสร้างอาคารเรียนหลังใหม่ โดยนายสิ่วหาญกล้า เป็นผู้รับเหมาก่อสร้าง เป็นอาคารเรียนแบบ ป.๑ ขนาด ๔ ห้องเรียน เริ่มก่อสร้าง ๑๐ ตุลาคม ๒๕๑๗ แล้วเสร็จ ๔ กรกฎาคม ๒๕๑๘

นายมานพ เวียงคำ ดำรงตำแหน่ง ครูใหญ่ ได้รับงบประมาณจากองค์การบริหารส่วนจังหวัด เพื่อสร้างอาคารเรียนแบบ พย. ๐๑ จำนวน ๔ ห้องเรียน ลักษณะโครงสร้างคอนกรีตเสริมเหล็ก โครงหลังคาเหล็ก พื้นและฝาซีเมนต์ การก่อสร้างแล้วเสร็จเมื่อวันที่ ๓ ธันวาคม ๒๕๒๒

ปี พ.ศ.๒๕๒๔ ได้งบประมาณจากสำนักงานคณะกรรมการประถมศึกษาแห่งชาติ ๙๕๐,๐๐๐ บาท สร้างอารคารเรียนแบบ พย.๐๒ จำนวน ๔ ห้อง

ต่อมาได้ขยายพื้นที่ออกไปทางทิศตะวันออกเพิ่มอีก ๒ งาน ซื้อจากงบประมาณของอาสาสมัครอเมริกัน แล้วขุดบ่อเลี้ยงปลา เลี้ยงไก่

นายอดุลย์ อ่อนนวล ย้ายมาดำรงตำแหน่งอาจารย์ใหญ่ เมื่อ ๙ มิถุนายน ๒๕๓๖ ได้รับจัดสรรงบจาก สำนักงานการประถมศึกษาจังหวัดพะเยา ๙๐,๐๐๐ บาท สร้างส้วม สปช. ๖๐๑

ปี พ.ศ.๒๕๓๗ คณะครูผู้ปกครอง ช่วยกันสร้างที่ดื่มน้ำ-แปลงฟัน โครงสร้างคอนกรีตเสริมเหล็ก หลังคากระเบื้อง งบประมาณ ๒๒,๐๐๐ บาท

ปี พ.ศ.๒๕๓๘ สร้างสนามเด็กเล่นพร้อมอุปกรณ์ ๖ ชุด ได้งบจากมูลนิธิศุภนิมิตประเทศไทย ๓๑,๘๐๐ บาท

ปี พ.ศ.๒๕๓๙ สร้างรั้วคอนกรีตหน้าโรงเรียน พร้อมประตูเหล็ก ๒ บาน ยาม ๑๒๕ เมตร สร้างที่ปัสสาวะ สร้างอาคารลูกเสือ ยุวกาชาด โดยได้รับงบประมาณจากราษฎรในเขตการศึกษา

ปี พ.ศ.๒๕๔๐ สร้างรั้วคอนกรีตด้านหลังโรงเรียน ยาว ๗๕ เมตร งบประมาณจากราษฎร ๒๐,๐๐๐ บาท

ปี พ.ศ.๒๕๔๑ สร้างถนนคอนกรีตในโรงเรียน ยาว ๗๕ เมตรกว้าง ๔ เมตร ด้วยเงินบริจาคผ้าป่าสามัคคีของหมู่บ้าน สมทบกับผ้าป่า จ.ระยอง เป็นเงินทั้งสิ้น ๕๐,๐๐๐ บาท

ปี พ.ศ.๒๕๔๒ สร้างรั้วคอนกรีตด้านข้างทิศตะวันออก ยาว ๑๑๕ เมตร งบประมาณจากราษฎร ๒๘,๕๐๐ บาท

ปี พ.ศ.๒๕๔๓ สร้างเตาเผาขยะ สูง ๘๐ ซม. กว้าง ๒ เมตร ยาว ๕ เมตร พื้นตะแกรงเหล็กเส้น ใช้งบประมาณ ๖,๒๙๗ บาท

ปี พ.ศ.๒๕๔๕ จัดงานผ้าป่าศิษย์เก่าโรงเรียนบ้านโจ้โก้-ห้วยสา หาทุนทรัพย์จัดซื้อเครื่องคอมพิวเตอร์ จำนวน ๒ เครื่อง

ปี พ.ศ.๒๕๔๖ จัดงานผ้าป่าศิษย์เก่าโรงเรียนบ้านโจ้โก้-ห้วยสา หาทุนทรัพย์จัดซื้อเครื่องคอมพิวเตอร์ จำนวน ๓ เครื่อง

ปี พ.ศ.๒๕๔๗ จัดงานผ้าป่าศิษย์เก่าโรงเรียนบ้านโจ้โก้-ห้วยสา หาทุนทรัพย์จัดซื้อเครื่องคอมพิวเตอร์ จำนวน ๗ เครื่อง พร้อมติดตั้งระบบอินเตอร์เน็ต เพื่อการศึกษา

ปี พ.ศ.๒๕๔๘ จัดตั้งอุปกรณ์รับสัญญาณดาวเที่ยมพร้อมโทรทัศน์สี ขนาด ๒๑ นิ้ว ครบทุกห้องเรียน เพื่อจัดการเรียนการสอนทางไกล จากโรงเรียนวังไกลกังวล อ.หัวหิน จ.ประจวบคีรีขันธ์ ด้วยเงินสนับสนุนจากผู้ปกครองและชุมชน จำนวนทั้งสิ้น ๗๗,๐๐๐ บาท

ในปีเดียวกัน ได้ คอมพิวเตอร์จาก อบต.ร่มเย็น ๒ เครื่อง และ อบจ.พะเยา ๒ เครื่อง จึงจัดไว้ให้นักเรียนใช้ศึกษาค้นคว้าผ่านอินเตอร์เน็ต

ปี พ.ศ.๒๕๔๙ โรงเรียนได้รับคัดเลือกเป็น ศูนย์ปฐมวัยต้นแบบเครือข่าย มีงบประมาณสนับสนุน ๒๐๐,๐๐๐ บาท จาก สพฐ. มีโรงเรียนในเครือข่าย ๑๕ โรงเรียน

ปี พ.ศ.๒๕๕๑ มีการเปลี่ยนแปลงผู้บริหารโรงเรียนคนใหม่ คือ นายเสริม ปัญญาธิ ดำรงตำแหน่ง ผู้อำนวยการโรงเรียน วันที่ ๒๑ พฤษภาคม ๒๕๕๑ จนถึงปัจจุบัน

ได้รับความร่วมมือจากชุมชน ๔ หมู่บ้าน และคณะครู จัดสร้างห้องประชุม "สัตบุษ" งบประมาณ ๑๖๕,๐๐๐ บาท

ปรับปรุงอาคารหอประชุม โรงอาหาร ๖๔,๐๐๐ บาท

จัดซื้อสื่อ ICT ( ทีวีจอแบน 40 นี้ว โปรเจ็คเตอร์, คอมพิวเตอร์ เพิ่มอีก ๕ ชุด รวม มี 18 ชุด )

จัดสร้างห้องบริหาร/ธุรการ งบประมาณ ๕๕,๐๐๐ บาท